地籍清理工作規劃分6年清理14類土地，辦理期程自97年1月1日起至102年12月31日止。
依地籍清理條例規定應清理之土地權利類型分為下列14類，依清查公告時間排序如下：
一、 地籍清理條例施行前已依有關法令清理之神明會土地，於該條例施行後仍以神明會名義登記者。（97年7月清查公告）
二、 地籍清理條例施行前以神明會以外名義登記或具有神明會之性質及事實者。（97年9月清查公告）
三、 38年12月31日以前登記之抵押權。（97年9月清查公告）
四、 34年10月24日以前之查封、假扣押、假處分登記者。（98年3月清查公告）
五、 38年12月31日以前以典權或臨時典權登記之不動產質權、贌耕權、賃借權或其他非以法定不動產物權名稱登記之土地權利。（98年3月清查公告）
六、 45年12月31日以前登記之未定期限地上權。（98年3月清查公告）
七、 以日據時期會社或組合名義登記者。（98年7月清查公告）
八、 以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記，現為依法登記之募建寺廟或宗教性質之法人使用，且能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者。（99年7月清查公告）
九、 以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記，現為依法登記之募建寺廟或宗教性質之法人使用，未能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者。（99年7月清查公告）
十、 日據時期經移轉為寺廟或宗教團體所有，而未辦理移轉登記或移轉後為日本政府沒入，於地籍清理條例施行時登記為公有土地。（99年7月清查公告）
十一、 原以寺廟或宗教團體名義登記，於34年10月24日前改以他人名義登記之土地，自始為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益者。（99年7月清查公告）
十二、 土地總登記時登記名義人之姓名、名稱或住址記載不全或不符者。（99年9月清查公告）
十三、 各共有人登記之權利範圍合計不等於一者。（100年4月清查公告）
十四、 非以自然人、法人或依法登記之募建寺廟名義登記者，除神明會、日據時期會社或組合、祭祀公業外。（101年4月清查公告）
一、 清查地籍。
二、 公告。
三、 受理申報。
四、 受理申請登記。
五、 審查及公告審查結果。
六、 登記並發給權利證書。
七、 異動或其他之處理。
一、 地籍清理之清查公告由各直轄市、縣（市）政府（地政單位）辦理。
二、 清查公告期間為90日。
一、 直轄市或縣（市）政府清查有關地籍後，土地權利人或利害關係人可至下列公告處所得知清理類型、土地標示、登記名義人、權利範圍、申請登記期間等公告資料：
(一) 直轄市或縣（市）政府。
(二) 土地所在地鄉（鎮、市、區）公所及村（里）辦公處。
(三) 土地所在地之地政事務所。
(四) 土地登記簿所載土地權利人住所地之鄉（鎮、市、區）公所。但無從查明或住所地為國外者，不在此限。
二、 另本府地政局網站之地籍清理專區亦可查閱有關地籍清理上開公告資料。
三、 直轄市或縣（市）政府於公告時會主動一併通知之情形，以下列土地在公告清理前，向稅捐、戶政、民政、地政、法院等機關查詢，能查得土地權利人或利害關係人者為限，其他類型土地權利不會主動通知，而是以公告代替通知：
(一) 以日據時期會社或組合名義登記。
(二) 以神明會名義登記者。
(三) 土地總登記時登記名義人之姓名、名稱或住址記載不全或不符者。
下列土地應於公告之申報期間向土地所在地之直轄市、縣（市）政府民政機關辦理申報事宜：
一、 地籍清理條例施行前未經民政機關備查之神明會土地。
二、 原以寺廟或宗教團體名義登記，於34年10月24日以前改以他人名義登記之土地，自始為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益者。
三、 以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地，現為依法登記之募建寺廟或宗教性質法人使用，且能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者。
一、 向地政事務所申請登記之期間，除下列土地外，為自公告後1年內。
(一) 神明會土地：
1. 已依有關法令清理之神明會，自97年7月1日起至100年6月30日止。
2. 未依有關法令清理之神明會，自申報人收到直轄市或縣（市）政府民政機關驗印之神明會現會員或信徒名冊、系統表及土地清冊後3年內。
(二) 寺廟或宗教團體：自領得證明書後30日內。
二、 上開申請登記期間為訓示規定，若逾期申請登記，除該土地已完成標售或登記為國有外，地政事務所仍應受理民眾之申請。
6個月。
地政事務所受理地籍清理之登記案件，經審查無誤後，除神明會、寺廟或宗教團體及祭祀公業名義登記之土地，應即辦理登記外，其餘應公告3個月。
一、 土地權利關係人於公告期間以書面向地政事務所提出異議，應檢附證明文件；經地政事務所審認異議事由屬土地權利爭執者，應移送直轄市、縣（市）不動產糾紛調處委員會進行調處。
二、 申請人或異議人不服調處者，得於收受調處結果通知次日起30日內，向管轄法院提起訴訟；屆期未提起訴訟者，依原調處結果辦理。
